加勒比海盗的戴维·琼斯坠落海底后，竟然与一艘奇特的黑船恐怖幽灵号，重生在海贼世界的东海，并获得了能够收割恐惧情绪，来强化自身与恐怖幽灵号的能力。而他曾经身为“深海阎王”的大部分力量，以及海洋女神赠予的力量，都储存于鱼人岛附近的飞翔荷兰人号上，只要取回这部分力量，他将再度化身在海上引渡亡灵的不死之身！于是，一个令人闻风丧胆的船长，驱使着能吞噬船体碎片的黑暗之船，航行在疾风骤雨间，朝着鱼人岛进发，给伟大航道上的人们带去噩梦与恐慌！